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Dynamic modeling of biological regulatory networks - INRIA Rhône-Alpes, Montbonnot, May 6th, 2004

Réseaux géniques et métaboliques : vers des modèles intégrés


Thème

Le thème du séminaire, "Réseaux géniques et métaboliques : vers des modèles intégrés", s’inscrit dans la tendance actuelle de chercher à obtenir une vision globale du développement et du fonctionnement des organismes à travers des modèles qui intègrent différents aspects de la cellule : régulation génique, métabolisme, transduction des signaux, ... L’objectif du séminaire est d’explorer différentes approches pour l’étude intégrée des réseaux géniques et métaboliques.

Programme

Une demi-journée de séminaires aura lieu dans le grand amphithéâtre de l’INRIA Rhône-Alpes le 6 mai. Le lendemain une partie des participants se réunira dans les locaux de l’INRIA Rhône-Alpes pour travailler sur un sujet précis, la biosynthèse de la thréonine chez Escherichia coli.

6 mai

14h00-14h15 Hidde de Jong (INRIA Rhône-Alpes) - Accueil et introduction

Présentation Hidde de Jong - 309.5 ko
Présentation Hidde de Jong




14h15-15h15 Athel Cornish-Bowden (CNRS-BIP, Marseille) - Analyse stoechiométrique du métabolisme : un outil puissant pour le dessin des médicaments

Résumé : L’information cinétiqe disponible actuellement sur les enzymes responsables du métabolisme même des organismes les plus simples connus est de loin trop maigre pour permettre simuler leur comportement. Un effort expérimental considérable est en train dans plusieurs laboratoires pour remplir quelques uns des lacunes, mais même pour les organismes les plus étudiés, comme par exemple la bactérie Escherichia coli, on doit attendre quelques années avant qu’on n’aura les résultats de cet effort. Même en ce moment là, il y aura toujours des nombreux organismes importants pour le médecine ou l’industrie pour lesquels le comportement cinétique de ses enzymes composantes restent complètement non-étudiés. Au même temps il y a beaucoup d’intérêt actuel pour extraire telle information du système qu’on peut extraire des maigres données expérimentales qu’on dispose. Dans la pratique ceci implique appliquer un analyse stoechiométrique pour identifier les types de comportement compatibles avec ce qu’on sait des voies métaboliques qui existent dans divers organismes. Dans ma conférence j’utiliserai un exemple tiré du parasite Trypanosoma brucei pour illustrer le type d’information potentiellement outil qu’on peut déduire d’une information strictement stoechiométrique.

15h15-15h45 Pause café

15h45-16h45 Jean-Philippe Vert (Ecole des Mines, Paris) - Analyse et reconstruction de voies métaboliques

Présentation Jean-Philippe Vert - 597.3 ko
Présentation Jean-Philippe Vert



Résumé : L’image du transcriptome transmise par les données de puces à ADN fournit des indications sur l’activité métabolique de la cellule, via la régulation transcriptionnelle des enzymes permettant d’activer ou d’inhiber différentes voies métaboliques. Je présenterai une méthode pour extraire automatiquement de l’information sur le métabolisme à partir de données de puces, via la comparaison des données d’expression avec une base de données de voies métaboliques connues. Je proposerai ensuite une méthode pour reconstruire ou corriger des voies métaboliques par l’intégration de données d’expression et d’autres données génomiques et protéomiques. Ces méthodes seront illustrées par l’analyse de données de levures.

16h45-17h45 Julien Gagneur (CellZome, Heidelberg) - Etudier le métabolisme a l’équilibre : une approche par contraintes

Présentation Julien Gagneur - 2.9 Mo
Présentation Julien Gagneur



Résumé : Nous présentons un ensemble d’approches pour l’analyse structurelle du métabolisme nommées Flux Balance Analysis, Metabolic Flux Analysis et Metabolic Pathway Analysis dans la littérature anglo-saxonne. Ces approches ont en commun d’adopter l’hypothèse quasi-stationnaire et l’irréversibilité de certaines réactions comme contraintes principales du métabolisme. Nous montrons ce que ces approches permettent de d’écrire et à quel point elles peuvent être appliquées sur de grands systèmes. En fin d’exposé, nous replaçons l’analyse structurelle du métabolisme dans le contexte de la modélisation de la régulation génique et du métabolisme. Nous proposons alors quelques pistes pour l’interaction entre - sinon l’intégration de - ces approches.

Note : Julien Gagneur remercie Steffen Klamt pour ses conseils durant la préparation de cette présentation et Athel Cornish-Bowden pour lui avoir précisé la notion d’état stationnaire lors de la rencontre.

7 mai

9h00-9h30 Delphine Ropers (INRIA Rhône-Alpes) - Introduction à la biosynthèse de la thréonine

Présentation Delphine Ropers - 180.5 ko
Présentation Delphine Ropers



Introduction Jean-Pierre Mazat - 70.4 ko
Introduction Jean-Pierre Mazat




9h30-16h30 Discussions

Synthèse discussions - 15.4 ko
Synthèse discussions





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