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Analyse qualitative de la dynamique de réseaux de régulation génique par des modèles linéaires par morceaux

G. Batt, H. de Jong, J. Geiselmann, J.-L. Gouzé, M. Page, D. Ropers, T. Sari, D. Schneider

Technique et Science Informatique (TSI), 26(1-2):11-45, 2007.


Le fonctionnement et le développement des organismes vivants sont contrôlés par des réseaux complexes de gènes, protéines, petites molécules et leurs interactions, appelés réseaux de régulation génique. Nous discutons dans cette revue une méthode de modélisation et de simulation qualitative de réseaux de régulation génique, bien adaptée au manque actuel de données biologiques quantitatives et précises. Cette méthode est basée sur une classe d’équations différentielles linéaires par morceaux (LPM) possédant des propriétés mathématiques favorables. Nous décrivons quelques résultats de base concernant la dynamique de systèmes LPM, introduisons une abstraction discrète sur laquelle repose la méthode de simulation qualitative et illustrons notre approche avec une application concernant la réponse au stress nutritionnel de la bactérie Escherichia coli.

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