Le grand défi de la biologie
fonctionnelle consiste à prédire et à comprendre
comment le comportement observé d'un organisme peut
émerger d'un réseau d'interactions entre les composantes
moléculaires d'une cellule. Outre des méthodes
expérimentales à haut débit, des approaches
mathématiques et informatiques sont indispensables pour analyser
les réseaux d'interactions.
Dans le cadre du Programme Bioinformatique inter-EPST, nous travaillons
sur le projet "Validation de modèles de réseaux de
régulation génique : régulation globale de la
transcription chez
Escherichia coli
et
Synechocystis PCCC 6803". Ce
projet s'inscrit dans une collaboration entre bioinformaticiens et
biologistes de l'ENS Paris, de l'INRIA Rhône-Alpes et de
l'Université Joseph Fourier à Grenoble, ayant pour
objectif d'utiliser des méthodes de modélisation et de
simulation qualitative pour analyser les réseaux de
régulation génique.
Concrètement, dans ce projet nous développerons une
méthode de validation de modèles de réseaux de
régulation génique, qui permettra de comparer les
prédictions obtenues par simulation qualitative avec des
données d'expression. Cette méthode sera mise à
l'épreuve dans une étude de la régulation globale
de la transcription chez les bactéries
Escherichia coli et
Synechocystis PCCC 6803.
Plusieurs participants à ce projet sont également
impliqués dans le projet "
GDyn :
Analyse dynamique de réseaux de régulation génique",
financé dans le cadre des
Actions de
Recherche Coopérative (ARC) de l'
INRIA.
